On distingue, très schématiquement, les ectoparasites, qui vivent à la surface du corps de l'hôte (de manière permanente ou temporaire) et les endoparasites, qui se développent à l'intérieur de l'organisme-hôte. Parmi ces derniers, on peut encore distinguer les parasites intracellulaires et extracellulaires. Les parasites à développement intracellulaire (facultatif ou obligatoire) sont représentés par les virus, les rickettsies et les chlamydiae, certaines bactéries (mycobactéries, salmonelles, brucelles, légionnelles, Listeria spp...), des levures et des protozoaires (leishmanies, Plasmodium spp., Cryptosporidium spp...). La défense contre ces parasites fait appel aux lymphocytes T cytotoxiques et à la synthèse de cytokines (IL-12, interféron γ, TNFα). Les parasites extracellulaires comprennent la plupart des bactéries et des levures, des protozoaires et tous les parasites métazoaires. Contre eux, les mécanismes de défense mettent principalement en jeu les phagocytes, le complément et les anticorps. La notion de pathogénicité des parasites doit être nuancée; certains ne sont pas habituellement pathogènes; d'autres, opportunistes, se situent même à la limite du parasitisme et du saprophytisme.