Tous les organes sont susceptibles d’être envahis par la bactérie responsable de l’affection. Elle peut aussi se manifester par une lymphadénopathie, une valvulopathie, une endocardite à hémoculture négative, une maladie oculaire inflammatoire, dans certains cas des manifestations cérébrales complexes. Le diagnostic repose sur la découverte sur une biopsie du grêle, de macrophages infiltrant le chorion de la muqueuse et contenant des granulations PAS positives qui correspondent à des bacilles à Gram positif identifiables en microscopie électronique : Tropheryma whippelii. La disparition de ces bacilles sous traitement antibiotique est parallèle à la rapide réponse de la maladie au traitement antibiotique prescrit d’abord par voie intraveineuse, suivi d’un traitement d’entretien par voie orale d’une durée de 12 mois.